Heinrich Walther estudió órgano con los maestros Z.Szathmáry, Xavier Darasse, Robert Anderson y Larry Palmer en los Conservatorios Superiores de Friburgo, Toulouse y Dallas, respectivamente.
Ha realizado giras por todo el mundo ofreciendo conciertos de órgano así como de instrumentos de teclado históricos. Su amplia discografía incluye grabaciones de obras de diferentes épocas ademàs de primicias de compositores contemporanéos y transcripciones propias de obras para orquesta de César Franck, Felix Mendelssohn Bartholdy, Max Reger y Jose Maria Usandizaga, entre otros.
En la actualidad, Heinrich Walther es profesor en el Conservatorio Superior de Música de Friburgo y en los Conservatorios Superiores de Música Sacra de Heidelberg y Rottemburgo del Néckar.
Asimismo ha sido profesor invitado en diversos seminarios. Del ano 2006 a 2016 estuvo organista titular de la iglesia Saint-Matthieu à Colmar (Francia).