Nacida en Granada, a los catorce años se inicia como organista en el órgano histórico de la Iglesia Imperial de San Matías. Se forma en los Conservatorios de Granada, Málaga, Sevilla, Barcelona y Escuela Superior de Música de Düsseldorf, y amplía estudios con Montserrat Torrent (Barcelona), Daniel Roth (Paris) y Rosalinde Haas (Frankfurt am Main).
En 1984 obtiene el Primer Premio de Órgano en el Concurso Permanente de Juventudes Musicales de España. En 1986 lleva a cabo la primera grabación discográfica, con la firma CBS, del Órgano Blancafort de Marbella, instrumento en el que ha sido organista durante 18 años. Su CD Die Sonnenorgel von Marbella con la firma Motette, cuyo primer ejemplar fué dedicado a SSMM Los Reyes de España, ha recibido excelentes críticas en la prensa musical internacional.
Ofrece diversos recitales de piano, pero será el órgano el instrumento al cual dedique toda su atención, actuando internacionalmente desde 1982 como solista y junto a diversas formaciones como dúo con trompeta, dúo con oboe, percusión, conjunto de metales, instrumentos tradicionales, coro, orquesta de cámara y orquesta sinfónica.
Entre sus actuaciones destacan las realizadas en la Real Academia de Bellas Artes de Madrid, Monasterio del Escorial, Auditorio Manuel de Falla de Granada, Auditorio Alfredo Kraus de Las Palmas de Gran Canaria, Auditorio Nacional de Música de Madrid, Teatro Real de Madrid, Auditorio John F. Kennedy Center de Washington, Universidad de Sacramento/California, Lisboa Expo' 98, Salamanca 2002, Palacio Nacional de Mafra/Portugal, Conciertos y grabaciones para radio y televisión en diversos Ciclos y Festivales de Órgano en México, Austria, Suiza, Catedral de Brujas, Catedral de Bruselas, etc.
Su interés por promover la composición actual para órgano, le ha llevado a estrenar obras de los prestigiosos compositores Jesús Legido (Valladolid), Miguel Pérez (Málaga), Ronald Watson (Inglaterra), Lee Axford (Inglaterra) y Guido Donati (Italia).
En la actualidad, Pilar Cabrera compagina su actividad concertística con la labor docente y litúrgica. Es Profesora en el Centro Oficial de Música Castilla, Organista en la Iglesia de San Andrés Apóstol y en la Catedral de Valladolid, donde desarrolla una intensa actividad como concertista, pedagoga y divulgadora del vasto repertorio para órgano, habiendo grabado hasta la fecha 45 CDs de los conciertos en directo.